Jedná se o období českých dějin mezi lety 1526–1618, tedy smrti Ludvíka Jagellonského a nástupu Habsburků na český trůn až po české stavovské povstání.
Císař i český král
V této době byli všichni čeští králové, kteří vždy byli členové rodu Habsburků, také císaři Svaté říše římské, nebo-li římskými králi.
Ferdinand I. Habsburský
Byl zvolen českým sněmem na základě svých volebních slibů. V nich se zavázal dodržovat stavovská práva, náboženskou svobodu a s tím spojené udržení platnosti Basilejských kompaktát. Byl zvolen i přesto, že měl na český trůn dědický nárok jako manžel Anny Jagellonské (sestry Ludvíka Jagellonského).
Jeho nástupem na český trůn vzniká habsburská monarchie, která se skládá ze zemí Koruny české, Rakous a Uherska. Sídelním místem panovníka se stává Vídeň, i přes volební slib, že se jím stane Praha.
Za jeho vlády se stavovská monarchie postupně změnila na absolutistickou, to znamená, že panovník se stal neomezeným vládcem. Prvním krokem bylo vydání dvorského řádu, který nadřadil jednotlivé dvorské kanceláře nad stavovské sněmy.
Stavovské povstání
První stavovské povstání proběhlo v roce 1547. Čeští stavové odmítli vyslat české vojsko na pomoc králi ve šmalkaldské válce. Potrestána byla jak vysoká šlechta, tak i královská města, která přišla o svou svobodu a jejich správa podléhala královským rychtářům.
Požár zemských desek
V roce 1541 došlo v Praze k požáru desek zemských, které sloužily k zápisům majetku, ale také v nich byly například volební sliby krále. Ten toho využil a změnil pravidla volby panovníka. Z požáru byli obviněni Židé, a proto byli vypovězeni z Čech.
Maxmilián II.
Po smrti Ferdinanda I. nastoupil na český trůn jeho syn Maxmilián II. Jeho nástup byl spojen s nadějí českých protestantů o stabilizaci náboženských poměrů, které se za vlády jeho otce zhoršily. V roce 1575 slíbil uznání České konfese, která umožňovala náboženskou svobodu. K jejímu uznání ale nikdy nedošlo.
Rudolf II.
Dalším habsburským panovníkem byl syn Maxmiliána II. Za své vlády přesunul sídlo císaře do Prahy. Ta se tak stala nejen politickým, ale také kulturním centrem monarchie.
Za jeho vlády došlo ke krizi v habsburském státě, kromě dlouhotrvajících bojů s Osmanskou říší, došlo ke střetu s uherskou evangelickou šlechtou. Tuto situaci řešil bratr Rudolfa II. Matyáš, který dospěl k míru se zástupcem uherské šlechty Štěpánem Bočkajem. Říká se mu vídeňský mír.
Tato situace způsobila konflikt mezi oběma bratry, který skončil vítězně pro Rudolfa II. díky podpoře českých stavů. Na oplátku v roce 1609 vydal Rudolfův majestát, kterým císař zrovnoprávnil katolíky a evangelíky a svobodu vyznání i pro poddané.
Kultura za života Rudolfa II.
Po přesunutí dvora do Prahy se z ní stalo hlavní kulturní centrum v Evropě. Rudolf II. se obklopoval umělci, astrology, alchymisty a mnohými dalšími lidmi. S jeho dvorem je spojen pověst o golemovi či pokusy o výrobu zlata nebo kamene mudrců. Mezi významné astronomy patřili Tycho de Brahe a Johannes Kepler.
Matyáš II.
Po smrti Rudolfa II. nastoupil na český trůn jeho bratr Matyáš. Přenesl sídlo panovníka zpátky do Vídně, kde zůstalo až do roku 1918.
Za jeho vlády došlo k vyostření náboženské situace ve státě a k porušení Rudolfova majestátu, což vedlo přímo ke stavovskému povstání.