Stonek zajišťuje rozvádění látek po těle rostliny, vyrůstají z něj listy a další orgány. Sám může provádět fotosyntézu (obsahuje buňky s chloroplasty). Stonek je článkovaný, zpravidla nadzemní.

Přesouvání látek v rostlině zajišťují cévní svazky, ty mají část dřevní (xylém) a lýkovou (floém). Dřevní část vede vodu s minerálními látkami od kořenů vzhůru. Lýková část přesouvá organické látky vzniklé fotosyntézou z místa vzniku (source, např. listy) na místo spotřeby (sink, např. dělivá pletiva, květy, plody, zásobní orgány).

Podle podoby stonku se rostliny dělí na byliny (a, stonek nedřevnatí) a dřeviny (b–‍c, stonek dřevnatí, vytváří se u něj druhotná kůra a případně borka). Mezi dřeviny náleží keře (b) a stromy (c).

Stonek se může přeměňovat na kolce (ostré zkrácené větvičky připomínající trny, např. u trnky – 1), hlízy (např. u bramboru – 2), úponky (např. u vinné révy – 3) či oddenky (vodorovné stonky u povrchu půdy, často se zásobní funkcí, např. u kosatce – 4).

1 – kolce trnky

2 – hlízy bramboru

3 – úponky vinné révy

4 – oddenky kosatce

Listy vyrůstají ze stonku. Mají plochou čepel, která může ke stonku být připojena řapíkem. Listy obvykle fotosyntetizují. Pomocí průduchů v jejich pokožce dochází k výměně plynů s okolím. Cévní svazky v listech jsou navenek vidět jako žilnatina.

Listy mohou být jednoduché (a), nebo složené z více menších lístků (b–‍d). Složené listy se dále dělí na dlanitě složené (b, lístky vyrůstají z jednoho místa) a zpeřené (lístky vyrůstají z prodlouženého řapíku; c – lichozpeřený list, d – sudozpeřený list).

Co se týče postavení listů na stonku, mohou být střídavé (a), vstřícné (b), v přeslenech (c) či v přízemní růžici (d).

1 – úponky hrachu

2 – trny růže

3 – past láčkovky

4 – listeny kokrhele

5 – palisty růže

6 – cibule

Listy se mohou přeměňovat např. na úponky (1), trny (2), pasti masožravých rostlin (3), listeny (listy, v jejichž úžlabí vyrůstají květy či květenství – 4) či palisty (5). Ze zdužnatělých listů a zkráceného stonku vznikají cibule (6).

Vegetativní rozmnožování rostlin spočívá v tom, že přímo z těla původní rostliny vyroste rostlina nová. V přírodě se vegetativně rostliny rozmnožují např. pomocí šlahounů (jahodník), cibulí (tulipán) či oddenků (přeslička, sasanka hajní).

Vegetativní rozmnožování využívá i člověk (v zemědělství, zahradnictví), lze díky němu efektivně získat mnoho geneticky shodných rostlin (klonů). Dochází při něm k zachování vlastností rostlin a konkrétních odrůd (kultivarů).